Selama memimpin Wajo, Ishak Manggabarani juga sempat memilih menetap di Parepare. Dari sana, ia tetap memikirkan dan mengatur kebijakan pemerintahan Tana Wajo. Keberadaannya di luar Wajo bahkan disebut turut meredakan perselisihan di antara para pemimpin Wajo.
Ishak Manggabarani Karaeng Mangeppe wafat di Parepare pada 16 Desember 1916. Ia telah memimpin sebagai Arung Matoa Wajo selama 16 tahun.
Setelah wafatnya, jabatan Arung Matoa Wajo mengalami kekosongan selama sekitar 10 tahun sebelum kemudian diisi kembali pada 1926.
Sosok Ishak Manggabarani kemudian menjadi bagian dari catatan sejarah Sulawesi Selatan sebagai Arung Matoa Wajo yang memimpin di tengah masa penuh gejolak.
Namanya kini juga dikenang melalui penggunaan nama Bau Mangga sebagai salah satu nama jalan di Kota Makassar.
