Ia melanjutkan pendidikan menengah di SMP Negeri 2 Pinrang dan SMA 243 Pinrang yang kini dikenal sebagai SMA Negeri 1 Pinrang.
Selepas SMA, Jamaluddin Jompa menempuh pendidikan tinggi di Universitas Hasanuddin dengan memilih Jurusan Perikanan dan lulus pada 1989.
Karier akademiknya kemudian berlanjut ke luar negeri. Ia meraih gelar magister (MSc) dari McMaster University, Kanada, pada 1996.
Selanjutnya, gelar doktor (PhD) diperolehnya dari James Cook University (JCU), Australia, pada 2003. Pada 2019, Prof JJ juga menyelesaikan pendidikan profesi insinyur di Universitas Hasanuddin.
Di lingkungan internal Unhas, Prof Jamaluddin Jompa telah menduduki berbagai posisi strategis.
Ia pernah menjabat Dekan FIKP Unhas periode 2013–2017, Direktur Pusat Studi Terumbu Karang Unhas, Direktur Pusat Penelitian dan Pengembangan Laut, Pesisir, dan Pulau-pulau Kecil, serta Dekan Sekolah Pascasarjana Unhas periode 2018–2022.
Di tingkat nasional dan internasional, ia pernah menjabat Sekretaris Eksekutif COREMAP II, Ketua Kelompok Penasihat Ilmiah Komite Koordinasi Nasional Coral Triangle Initiative (CTI), anggota Dewan Coral Triangle Center (CTC), serta anggota Komisi Nasional Penilaian Stok Perikanan Kementerian Kelautan dan Perikanan.
Prof Jamaluddin Jompa juga ditunjuk sebagai Penasihat Menteri Kelautan dan Perikanan bidang Ekologi Laut serta menjabat Ketua Pusat Keunggulan Ketahanan Kelautan dan Pembangunan Berkelanjutan.
