Karier politik Misbakhun dimulai dari PKS, namun kemudian pindah ke Partai Golkar.
Misbakhin menjadi Ketua Komisi XI DPR yang membidangi Keuangan, Perencanaan Pembangunan Nasional, Moneter, dan Sektor Jasa Keuangan.
Sebelum menjadi anggota DPR RI, Misbakhun adalah seorang Pegawai Negeri Sipil (PNS) di Direktorat Jenderal Pajak, Kementerian Keuangan Republik Indonesia.
Namun, pada 2005, Misbakhun memutuskan untuk mengundurkan diri dari PNS dan beralih menjadi pengusaha, hingga terjun ke politik dan terpilih menjadi anggota DPR pada 2009.
Misbakhun mempunyai empat orang anak hasil pernikahannya dengan Eny Sulistijowati. Pasangan ini memiliki empat orang anak yang bernama Aisyah Claresta, Azzahra Fikriah, Aida Afiah dan Andre Adiyatma.*
